Au retour, le bateau de Le Gentil est pris dans une tempête et le débarque à l'île Bourbon, où il attend un navire espagnol pour retourner chez lui. 

Après avoir passé quelque temps à cartographier la côte est de Madagascar, il parcourut l'Océan Indien puis décida d'enregistrer le transit de 1769 depuis Manille. En butte à l'hostilité des autorités espagnoles, qui le soupçonnaient d'être un espion, il partit pour Pondichéry, qui venait d'être rendue à la France par le traité de Paris en 1763. Il y arriva en mars 1768. Il construisit un petit observatoire et attendit patiemment.

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